Università degli Studi di Pavia - Facoltà di Scienze MMFFNN

LUCA FERRETTI – Curriculum Vitae

Nato a Bergamo il 22 novembre 1957.

FORMAZIONE
• Laureato in Scienze Biologiche nel 1980 presso l’Università degli Studi di Pavia.
• Dottorato in Scienze Genetiche conseguito nel 1987.
POSIZIONE ACCADEMICA
• 1998 – oggi. Professore Associato di Genetica (BIO/18) presso la Facoltà di Scienze MMFFNN dell’Università degli Studi di Pavia.
• Aprile 2006. Idoneità di I Fascia in Genetica (BIO/18) conseguita nella valutazione comparativa per un posto di Professore Ordinario (Università degli Studi di Brescia, Facoltà di Medicina e Chirurgia).
• Dicembre 2010. Professore Straordinario di Genetica (BIO/18) presso la Facoltà di Scienze MMFFNN dell’Università degli Studi di Pavia.
ESPERIENZA PROFESSIONALE
• Post Doctoral Associate nel laboratorio del premio Nobel H.G. Khorana al MIT, Cambridge, USA dal 1983 al 1984.
• Ricercatore CNR dal 1985 presso l’Istituto e la Valorizzazione del Germoplasma Animale (Milano).
• 1986 (ottobre – novembre). Visiting scientist presso ICRF, Dept Medical Oncology, Londra, laboratorio del Prof. B.D. Young.
• 1987 (aprile). Visiting scientist presso DKFZ, Institute of Experimental Pathology, Heidelberg, laboratorio del Prof. M. Stoher.
• 1987 – oggi. Docente e coordinatore di cicli di seminari nell'ambito della Scuola di Dottorato di Ricerca in Scienze Genetiche, del Corso di Perfezionamento in Genetica e della Scuola di Specialità in Genetica Applicata, presso il Dipartimento di Genetica e Microbiologia, Università degli Studi di Pavia.
• 1990-91 e 1991-92. Professore a contratto della Facoltà di Medicina Veterinaria (Università degli Studi di Milano). Corso tenuto: "Elementi di biologia molecolare e di ingegneria genetica applicata alle produzioni animali".
• 1992 – 1996. Docente dalla Scuola di Dottorato in Biotecnologie Applicate alle Scienze Veterinarie e Zootecniche, e del corso di Genetica dei microorganismi e biotecnologie, Facoltà di Medicina Veterinaria, Università degli Studi di Milano.
• 1995. docente del Corso ERASMUS "Intensive Course in Genetics", Pavia 1-9/9/1995, dove tiene un seminario dal titolo "Application of molecular markers to the genetic characterization of bovines".
• 1996-97. Professore a contratto per la Facoltà di Medicina Veterinaria, Università di Milano, con il corso “Applicazione delle sonde molecolari per lo studio del genoma dei procarioti ed eucarioti” integrativo al corso ufficiale “Genetica dei microrganismi e biotecnologie”
ATTIVITA’ DI COORDINAMENTO DELLA RICERCA, INCARICHI
• Come ricercatore CNR e in seguito come Professore Associato è stato titolare e più volte coordinatore nazionale di progetti UE nel IV PQ Biotecnologie e nel programma FAIR5 e di progetti PRIN, FIRB, del MIPAAF e dell'Istituto Superiore di Sanità.
• 1991-1998. Membro del Consiglio Scientifico dell’Istituto per la Difesa e la valorizzazione del Germoplasma Animale del CNR
• Nel 1998 è stato revisore di un progetto internazionale (N.153/98-17.2) per conto della Israel Science Foundation, e nel 2004 è stato revisore di un progetto scientifico (N. ZK0409) su invito del DEFRA (Department for Environment, Food & Rural Affairs, United Kingdom)
• Dal 2003 è inserito nel pannello dei revisori per i progetti PRIN e ha svolto attività di referaggio di tali progetti dal 2004 ad oggi.
• E’ stato revisore per conto di parecchie riviste scientifiche internazionali tra cui: Gene, Mammalian Genome, Genetics Selection and Evolution, Animal Genetics, Journal of Virology, LiveStock Science, Cytogenetic and Genome Research, BMC Genetics, BMC Genomics.
• E' stato membro eletto di Facoltà nel Comitato Tecnico Scientifico del Centro Interdipartimentale di Servizi “Centro ci Calcolo” per il triennio accademico 2004-2007.
• E’ membro del Collegio dei docenti del Dottorato di Scienze Genetiche e Biomolecolari (Scuola di Dottorato in Scienze della Vita, Università degli Studi di Pavia)
• E' componente del Consiglio del Laboratorio di Biologia Sperimentale dal 2004
• Direttore del Laboratorio di Biologia Sperimentale per il triennio accademico 2008-2010 e 2011-2014.
•
FINANZIAMENTI OTTENUTI
• Responsabile scientifico della Unità di ricerca attiva presso l’IDVGA nell'ambito del Progetto Finalizzato R.A.I.S.A. del Consiglio Nazionale delle Ricerche negli anni 1990-1995.
• Responsabile scientifico di un progetto UE sul mappaggio del genoma bovino (BOVMAP) (contratto N° BI02 CT92 0359).
• Responsabile scientifico e coordinatore per l'Italia del progetto CEE sulla biodiversità "Analysis of genetic diversity in cattle to preserve future breeding options" (contratto N° AIR3 CT94-2066).
• Responsabile scientifico di un progetto di ricerca dal titolo "Study on marker genes affecting growth traits of beef cattle" in collaborazione con l'Institute of Animal Sciences, Chinese Academy of Agricultural Sciences (CAAS), Pechino, nell'ambito dell’accordo di cooperazione CNR Comitato per le Scienze Agrarie e CAAS.
• Responsabile scientifico di un progetto di ricerca UE, (programma MASSES, FAIR5 CT97-3311) per la caratterizzazione della sequenza del locus del gene del prione bovino, per la ricerca di polimorfismi utili alla diagnosi e per il riconoscimento della suscettibilità degli animali alla malattia.
• Responsabile scientifico di un progetto di ricerca finanziato dalla UE (ComRad, BIO4-98-0277) che ha avuto come obbietttivo lo sviluppo di una mappa di ibridi di radiazione del bovino e la sua saturazione con microsatelliti e marcatori espressi del tipo EST.
• Titolare e responsabile scientifico di un contributo del CNR per un programma di ricerca nell’ambito del Progetto Strategico BSE “Encefalopatia Spongiforme Bovina” (Contributo N. 00.00252.ST74).
• Coordinatore nazionale del progetto “Costruzione di una genoteca di Wolbachia sp., simbionte della filaria del cane (Dirofilaria immitis)”, (PRIN 2000 Protocollo MM07225558).
• Coordinatore nazionale del programma di ricerca “Caratterizzazione molecolare e funzionale del gene prion-doppel (PRND) e valutazione del ruolo di PRND nella patogenesi delle encefalopatie spongiformi transmissibili dei bovini e degli ovi-caprini” (PRIN 2001, Protocollo 2001077349).
• Responsabile scientifico di un’unità di ricerca e assegnatario di un contratto nel progetto “Fattori genetici, patogenetici e biochimici responsabili della sensibilità/resistenza alla EST” (coordinatore nazionale Dr. Umberto Agrimi, ISS Roma) nel quadro dei Programmi Speciali del Ministero della Sanità sulle TSE banditi nel 2001).
• Responsabile di una unità di ricerca del Progetto “a sportello” MIUR 2002 (Protocollo: RBAU01TA3W) “Sequenziamento completo del genoma di Wolbachia, simbionte del nematode parassita Dirofilaria immitis”, coordinatore nazionale Prof. Caludio Bandi (Univ Milano).
• Coordinatore nazionale del programma di ricerca “Caratterizzazione molecolare, biochimica e cellulare della proteina Doppel e studio del suo ruolo nella progressione tumorale dei gliomi” (PRIN 2003, Protocollo 2003052953).
• Coordinatore nazionale del programma di ricerca “Basi molecolari e alterazioni citogenetiche nei tumori della vescica del bovino” (PRIN 2005, Protocollo 2005075801).
• Responsabile di una Unità di Ricerca nel progetto “Genomi mitocondriali di Bos primigenius in razze bovine autoctone italiane” (PRIN 2007, Protocollo 2007XRBAEN).
• Responsabile di una Unità Operativa e assegnatario nel 2008 di un contributo nel progetto triennale SELMOL del MIPAAF.
• Responsabile di una Unità di Ricerca nel progetto “Genetic history (and prehistory) of Italy and its regions: a reconstruction based on DNA data from modern human and cattle populations” finanziato dalla Fondazione Alma Mater Ticinensis, 2009-2012
ATTIVITA’ DIDATTICA ISTITUZIONALE
Dopo essere stato chiamato dalla Facoltà di Scienze dell’Università di Pavia come Professore Associato di Genetica, ha insegnato nei seguenti corsi/anni accademici:
• 1998-1999
o Docente di Citogenetica, corso integrativo del corso di Genetica per gli iscritti al primo anno di Scienze Biologiche.
• Anni 1999-2003
o Docente di Ingegneria Genetica per gli studenti di Scienze Biologiche (IV e V anno ordinamento quinquennale, indirizzo Biomolecolare e Genetico).
o Docente di Ingegneria Genetica (1 modulo) per il corso di Biologia Strutturale (fondamentale dell’indirizzo Biotecnologico).
• Anni 2001 - 2009
o Docente di Genetica I (I anno) per il corso di laurea interfacoltà in Biotecnologie.
• Anni 2002 - 2009
o Docente del corso di Tecniche Biomolecolari e Genetiche (III anno), corso di laurea in Scienze Biologiche.
• Anni 2003 - 2009
o Docente del corso di Tecniche Genetiche e Biotecnologie Molecolari (III anno Corso di laurea interfacoltà in Biotecnologie).
o Docente del corso di Ingegneria Genetica (I anno Laurea Specialistica in Biologia Sperimentale e Applicata).
• 2009 - oggi
o Docente del corso di Biotecnologie Genetiche e Molecolari (I anno Laurea Magistrale in Biotecnologie Industriali; Modulo di Biotecnologie Genetiche, 6 CFU).
o Docente di Genetica (I anno Laurea triennale in Biotecnologie; corsi A e B, Modulo 2, 6 CFU).

SOCIETA’ SCIENTIFICHE
E’ membro della Associazione Genetica Italiana (AGI) e della International Society of Animal Genetics (ISAG).

PUBBLICAZIONI

E’ autore di 80 pubblicazioni su rivista e in capitoli di libri e di oltre 120 comunicazioni a congressi nazionali e internazionali.

Filogenesi dei bovini attraverso l’analisi della variabilità del DNA mitocondriale (mtDNA) e del cromosoma Y

Variabilità del mtDNA dei bovini
La domesticazione dei Bos primigenius (gli antichi uri) - avvenuta ~10,000 anni fa - rappresentò una delle principali innovazioni della "rivoluzione" Neolitica con ripercussioni significative in campo sia culturale che socio-economico per le popolazioni del Vecchio Mondo che, in tempi diversi, adottarono l'allevamento. Negli ultimi abbiamo analizzato in collaborazione con il gruppo del Prof. Torroni più di 2300 bovini di razze taurine Europee, Mediorientali e Africani a livello di regione di controllo del mtDNA e abbiamo prodotto più di 100 sequenze complete di mtDNA.
Abbiamo identificato, in campioni taurini moderni, genomi mitocondriali di B. primigenius europeo appartenenti a due distinti aplogruppi (P e Q) con distribuzione geografica alquanto diversa, in accordo con dati da DNA antico e più recentemente genomi mitocondriali di un aplogruppo finora mai descritto, R, che sembra specifico di razze italiane. Questa scoperta ci ha portati a ipotizzare che in Italia, in epoca storica, sia potuta avvenire una domesticazione indipendente di B. primigenius, in accordo con recenti ipotesi fatte per altre specie di eventi multifocali di addomesticamento successivi a quelli originali.
I risultati confermano la nostra ipotesi che linee di mtDNA di B. primigenius, di cui finora si ignorava l’esistenza, siano ancora presenti nei bovini moderni, magari in razze autoctone non altamente selezionate e a rischio. In parallelo agli studi, sempre più frequenti in letteratura, di sequenze complete di mtDNA in campioni antichi, la nostra idea è quella di studiare la variazione dell'mtDNA degli antichi uri attraverso l'analisi delle linee mitocondriali entrate e mantenute nelle moderne razze taurine.

Ricerca di marcatori biallelici del cromosoma Y bovino e studio della sua variazione
Abbiamo recentemente avviato un progetto in collaborazione con il gruppo della Prof. Semino che ha come obiettivo lo sviluppo di un set di SNPs Y-specifici, ottenuti con un approccio bioinformatico a partire dalle sequenze disponibili del cromosoma Y bovino. Tutte le regioni disponibili del cromosoma Y sono state analizzate in modo da filtrare le sequenze ripetitive, quindi sono state suddivise in frammenti di 200-500 nucleotidi in modo da poter essere amplificate mediante PCR e nello stesso tempo confrontate nuovamente in banca dati per scartare quelle condivise con il cromosoma X. Gli ampliconi (STS) ottenuti sono quindi analizzati mediante DHPLC alla ricerca di SNP, la cui verifica viene in seguito effettuata mediante sequenziamento. I marcatori identificati permetteremmo di costruire la prima filogenesi del cromosoma Y di questa specie che, oltre ad essere utile per comprenderne l’addomesticamento di questa specie e l’origine delle varie razze, potrà fornire informazioni anche sugli spostamenti dei gruppi umani. Tra i primi risultati ottenuti, abbiamo identificato un STS che consente una rapida tipizzazione degli aplogruppi Y1 ed Y2 mediante una semplice PCR e una serie di STS che permettono di suddividere l’aplogruppo Y2 in due sottoaplogruppi, Y2A e Y2B.

58. Di Meo GP, Perucatti A, Floriot S, Incarnato D, Rullo R, Caputi-Jambrenghi A, Ferretti L, Vonghia G, Cribiu E, Eggen A, Iannuzzi L (2005). Chromosome evolution and improved cytogenetic maps of the Y chromosome in cattle, zebu, river buffalo, sheep and goat. Chromosome Research 13, 349-355. IF 3.405

59. Del Vecchio I, Azzalin A, Guidi E, Amati G, Caramori T, Uboldi C, Comincini S, Ferretti L (2005). Functional mapping of the bovine Doppel gene promoter region. Gene 356, 101-108. IF 2.578

60. Di Meo GP, Perucatti A, Uboldi C, Roperto S, Incarnato D, Roperto F, Williams JL, Eggen A, Ferretti L, Iannuzzi L (2005). Comparative mapping of the fragile histidine triad (FHIT) gene in cattle, river buffalo, sheep and goat by FISH and assignment to BTA22 by RH-mapping: a comparison with HSA3. Animal Genetics 36, 363-364. IF 2.459
61. Uboldi C, Del Vecchio I, Foti MG, Azzalin A, Paulis M, Raimondi E, Vaccari G, Agrimi U, Di Guardo G, Comincini S, Ferretti L (2005). The prion-like Doppel gene (PRND) in the goat: genomic structure, cDNA and polymorphisms. Mamm. Genome 16, 963-971. IF 2.350
62. Azzalin A, Del Vecchio I, Chiarelli L, Valentini G, Sergio C, Ferretti L (2005). Absence of interaction between doppel and GFAP, Grb2 PrPc proteins in human tumor astrocytic cells. Anticancer Research 25, 4369-4374. IF 1.390
63. Bellagamba F, Comincini S, Ferretti L, Valfre F, Moretti VM (2006). Application of quantitative real-time PCR in the detection of prion-protein gene species-specific DNA sequences in animal meals and feedstuffs. J Food Prot. 69, 891-896. IF 1.763
64. Uboldi C, Guidi E, Roperto S, Russo V, Roperto F, Di Meo GP, Iannuzzi I, Floriot S, Boussaha M, Eggen A, Ferretti L (2006). Comparative genomic mapping of the bovine Fragile Histidine Triad (FHIT) tumour suppressor gene: characterization of a 2 Mb BAC contig covering the locus, complete annotation of the gene, analysis of cDNA and of physiological expression profiles. BMC Genomics 7, 123. IF 3.960
65. Azzalin A, Ferrara V, Arias A, Cerri S, Avella D, Bonaria Pisu M, Nano R, Bernocchi G, Ferretti L, Comincini S (2006). Interaction between the cellular prion (PrPC) and the 2P domain K+ channel TREK-1 protein. BBRC 346, 108-115. IF 2.648
66. Comincini S, Chiarelli LR, Zelini P, Del Vecchio I, Azzalin A, Arias A, Ferrara V, Rognoni P, Dipoto A, Nano R, Valentini G, Ferretti L (2006). Nuclear mRNA retention and aberrant doppel protein expression in human astrocytic tumor cells. Oncology Reports, 16(6), 1325-1332. IF 1.524
67. Uboldi C, Paulis M, Guidi E, Bertoni A, Di Meo GP, Perucatti A, Iannuzzi L, Raimondi E, Brunner RM, Eggen A, Ferretti L (2006). Cloning of the bovine prion-like Shadoo (SPRN) gene by comparative analysis of the predicted genomic locus. Mamm. Genome vol. 17(11), 1130-1139. IF 2.350
68. Azzalin A, Del Vecchio I, Ferretti L, Comincini S (2006). The Prion-Like Protein Doppel (Dpl) Interacts with the Human Receptor for Activated C-Kinase 1 (RACK1) Protein. Anticancer Research 26, 4539-4548. IF 1.390
69. Di Meo GP, Perucatti A, Floriot S, Hayes H, Schibler L, Rullo R, Incarnato D, Ferretti L, Cockett N, Cribiu E, Williams JL, Eggen A, Iannuzzi L (2007). An advanced sheep (Ovis aries, 2n=54) cytogenetic map and assignment of 88 new autosomal loci by fluorescence in situ hybridization and R-banding. Animal Genetics 38, 233-240. IF 2.459
70. Comincini S, Ferrara V, Arias A, Malovini A, Azzalin A, Ferretti L, Benericetti E, Cardarelli M, Gerosa M, Passarin MG, Turazzi S, Bellazzi R. (2007). Diagnostic value of PRND gene expression profiles in astrocytomas: relationship to tumor grades of malignancy. Oncol Rep. 5, 989-996. IF 1.524
71. Achilli A, Olivieri A, Pellecchia M, Uboldi C, Colli L, Al-Zahery N, Accetturo M, Pala M, Hooshiar Kashani B, A Perego UA, Battaglia V, Fornarino S, Kalamati J, Houshmand M, Negrini R, Semino O, Richards M, Macaulay V, Ferretti, Bandelt H-J, Ajmone Marsan P, Torroni A (2008). Mitochondrial Genomes of Extinct Aurochs Survive in Domestic Cattle. Curr Biol 18, R157-8. IF 10.777
72. Guidi E, Uboldi C, Ferretti L (2008). Molecular Analysis of the Fragile Histidine TRiad (FHIT) tumor suppressor gene in vesical tumors of cattle with Chronic Enzootic Hematuria (CEH). Cytogenetic and Genome Research 120, 173-177. IF 1.965
73. Peretti V, Ciotola F, Albarella S, Restucci B, Meomartino L, Ferretti L, Barbieri V, Iannuzzi l (2008). Increased levels of SCEs in Mediterranean Italian buffaloes affected by limb malformation (transversal hemimelia). Cytogenetic and Genome Research 120, 183-187. IF 1.965
74. Sbalchiero E, Azzalin A, Palumbo S, Barbieri G, Arias A, Simonelli L, Ferretti L, Comincini S (2008). Altered cellular distribution and sub-cellular sorting of doppel (Dpl) protein in human astrocytoma cell lines. Cell Onc 30, 337-347. IF 3.383
75. Achilli A, Bonfiglio S, Olivieri A, Malusà A, Pala M, Kashani BH, Perego UA, Ajmone-Marsan P, Liotta L, Semino O, Bandelt HJ, Ferretti L, Torroni A (2009). The multifaceted origin of taurine cattle reflected by the mitochondrial genome. PLoS ONE Jun 1;4(6):e5753. 
76. Manera S, Bonfiglio S, Malusà A, Denis C, Boussaha M, Russo V, Roperto F, Perucatti A, Di Meo GP, Eggen A, L. Ferretti L (2009). Comparative mapping and genomic annotation of the bovine oncosuppressor WWOX gene. Cytogenetic and Genome Research 126, 186-193. PubMed PMID: 20016169. IF 1.965
77. Bonfiglio S, Achilli A, Olivieri A, Negrini R, Colli L, Liotta L, Ajmone-Marsan P, Torroni A, Ferretti L (2010) The Enigmatic Origin of Bovine mtDNA Haplogroup R: Sporadic Interbreeding or an Independent Event of Bos primigenius Domestication in Italy? Plos ONE 5:e15760. IF 4.351
78. Bonfiglio S, De Gaetano A, Tesfaye K, Grugni V, Semino O, Ferretti L (2012). A novel USP9Y polymorphism allowing a rapid and unambiguous classification of Bos taurus Y chromosomes into haplogroups. Anim Genet. 2012 Feb 9. doi: 10.1111/j.1365-2052.2012.02328.x. [Epub ahead of print]